2003年,學院實行機構改革。根據《安徽省人民政府辦公廳關于印發安徽行政學院(安徽經濟管理學院)職能配置、內設機構和人員編制方案的通知》(皖政辦【2003】36號)精神,省政府對學院職責進行了調整,主要是:一是承擔全省縣(處)級和省直行政機關初級國家公務員的培訓、全省晉升為縣(處)、市(廳)級領導職務人員的任職培訓、省直行政機關新錄用人員的初任培訓和人事部門選拔優秀應屆大學畢業生上崗前的培訓等國家公務員和工作人員培訓。二是承擔全省大中型企業領導干部和工商管理人員培訓工作。三是承擔經批準的有關專業的普通高等教育和成人大專以上學歷教育。四是開展對外合作與學術交流活動。五是研究我省國家公務員和企業領導干部、工商管理人員培訓教育工作中的重大問題,參與制定相關培訓的規劃及政策。六是圍繞政府工作中有關重大問題開展科學研究,向省政府和有關部門提出政策咨詢意見和建議。七是對省轄市行政院校公務員培訓工作進行業務指導,承擔部分師資的培訓工作。
安徽行政學院有著六十年的辦學歷史。1949年,皖南皖北行署創辦皖南皖北行政干部學校。1952年1月,皖南皖北區黨委決定,行政干校劃歸政府部門領導,校長由黃巖(時任皖北行署主任,后任省政府副主席、省長)兼任。1954年下半年,安徽省行政干部學校由蕪湖市遷至合肥市,與原各單位籌建的訓練班合并,成立安徽行政學院籌建委員會。1955年初,安徽省行政干部學校正式改名為安徽行政學院。1958年下半年,由于培訓任務的變化,安徽行政學院更名為安徽工業專科干部學校。1991年1月21日,安徽省行政管理干部電視學院與省人事干部學校合并重建安徽行政學院,廳級建制。1991年5月23日,安徽行政學院正式掛牌。在此后的發展過程中,又先后進行三次大的合并: 1996年,安徽行政學院與安徽經濟管理干部學院合并,實行一套機構、兩塊牌子; 2002年,原合肥物價學校整體劃入; 2006年,原安徽農業管理干部學院成建制并入。
2003年,學院實行機構改革。根據《安徽省人民政府辦公廳關于印發安徽行政學院(安徽經濟管理學院)職能配置、內設機構和人員編制方案的通知》(皖政辦[2003]36號)精神,省政府對學院職責進行了調整,主要是:一是承擔全省縣(處)級和省直行政機關初級國家公務員的培訓、全省晉升為縣(處)、市(廳)級領導職務人員的任職培訓、省直行政機關新錄用人員的初任培訓和人事部門選拔優秀應屆大學畢業生上崗前的培訓等國家公務員和工作人員培訓。二是承擔全省大中型企業領導干部和工商管理人員培訓工作。三是承擔經批準的有關專業的普通高等教育和成人大專以上學歷教育。四是開展對外合作與學術交流活動。五是研究我省國家公務員和企業領導干部、工商管理人員培訓教育工作中的重大問題,參與制定相關培訓的規劃及政策。六是圍繞政府工作中有關重大問題開展科學研究,向省政府和有關部門提出政策咨詢意見和建議。七是對省轄市行政院校公務員培訓工作進行業務指導,承擔部分師資的培訓工作。