雞鳴寺，又稱古雞鳴寺，位于雞籠山東麓山阜上，是南京最古老的梵剎之一。雞籠山東接九華山，北臨玄武湖，西連鼓樓崗，山高62米，因山勢渾圓似雞籠而得名。雞籠山背湖臨城，滿山濃蔭綠樹，翠色浮空，山青水秀，風景綺麗。雞鳴寺寺址所在，三國時屬吳國后苑之地，早在西晉永康元年(300年)就曾在此倚山造室，始創道場。東晉以后，此處被辟為廷尉署，至南朝梁普通八年(527年)梁武帝在雞鳴埭興建同泰寺，才使這里從此真正成為佛教勝地。
同泰寺與臺城(宮城)隔路相對，整個寺院依皇家規制而建，規模宏大，金碧輝煌，盛極一時，無愧于“南朝四百八十寺”首剎之譽。由于皇帝的尊祟，同泰寺儼然如當時南方之佛教中心，天望高僧達摩從印度來建康時，就居于此。
梁武帝經常到寺里說法講經，聽眾逾萬，并曾先后四次舍身到同泰寺為僧，脫下皇帝龍冠莽袍，穿上僧衣，在寺中過起僧人生活，人稱為“皇帝菩薩”。梁大同三年(538年)，同泰寺浮圖因雷擊起火，釀成寺內大火，這座龐大的寺院只有瑞儀和柏堂兩個大殿幸存，其余皆化為灰燼。
“侯景之亂”后，同泰寺荒蕪多年，直至922年楊吳時，才又在同泰寺故址建臺城千佛院。南唐時稱凈居寺，建有涵虛閣，后又改稱圓寂寺。至宋代又分其半地置法寶寺。至明初時，這里只有一座小小的普濟禪師廟。
明洪武二十年(1387年)，明太祖朱元璋命祟山侯李新督工，在同泰寺故址重新興建寺院，盡拆故宇舊屋，加以拓展擴建，題額為“雞鳴寺”。后經宣德、成化年間的擴建和弘治年間為時六年的大修，寺院規模擴大到占地一古余畝，常住寺僧有百余人之多。寺院依山而建，別具風格，共建有殿堂樓閣、臺房宇達三十余座，遠遠望去，儼然一華麗祗園。
清朝康熙年間曾對雞鳴寺進行過兩次大修，并改建了山門。康熙皇帝南巡時，曾登臨寺院，并為這座古剎題書了“古雞鳴寺”大字匾額。乾隆十五年(1751年)，地方官為了迎早帝和太后南巡，又重建了憑虛閣，作為駐蹕行宮，乾隆也這座古寺題寫了匾額和楹聯。清咸豐年間，毀于兵火。同年間重修，僅有房屋十余間，中間是小院，前面是正殿。至治六年(1867年)，寺僧西池等募資修建了觀音樓，樓內供著普渡眾生、大慈大悲的觀音菩薩。有趣的是，雞鳴寺的觀音與眾不同，為一尊倒坐觀音菩薩像(面朝北而望)，佛龕上的楹聯道明原因：“問菩薩為何倒坐，嘆眾生不肯回頭。”雞鳴寺從今又稱為觀音閣、觀音樓。光緒二十年(1894年)，兩江總督張之洞又將殿后經堂改建為“豁蒙樓”，并手書匾額。
1958年雞鳴寺改為尼眾道場。“文化大革命”期間，雞鳴寺遭到嚴重破壞。1979年，政府為了保護名勝古跡，落實宗教政策，決定重建雞鳴寺1983年以來，在方丈宗誠法師領導卞。
寺廟修復了頭山門、觀音殿、大雄寶殿、豁蒙樓、景陽樓、韋殿、彌勒殿、志公臺、念佛堂、藥師佛塔、藏經樓、法堂、客堂、至今早等，1985年雞嗚寺即重新對外開放，隨后又逐步修了大山門、毗盧寶殿、鐘樓、鼓樓、放生池等建筑。自開放以來，雞鳴寺溝通了與港臺以及海外佛教界的聯系，常有佛教使吞訪問該寺，交流佛教文化，增進彼此了解。
修復后的雞鳴寺幽凈古樸，煥然一新。由雞鳴寺路左側循石級緩步而上，一座黃墻洞門迎面而立，洞門正中“古雞鳴寺’，四個金字熠熠生輝，這就是雞鳴寺山門。步入山門，左為施食臺(志公臺)。由施食臺往前為彌勒殿，其上為大雄寶殿和觀音樓，殿內供奉著兩尊由泰國贈送的釋迦牟尼和觀音餾金銅坐像，并新塑了觀音應身像三十二尊，供奉于殿內。
大雄寶殿之東為憑虛閣遺址，西為塔院。塔院內全部采用青石磨光雕花工藝，青石鋪設地面，一座七層八面的藥師佛塔拔地而起。此塔為1990年重新建造，是雞鳴寺歷史上的第五座大佛塔。塔高約44米，外觀為假九面，實為七級八面。斗拱重檐，銅剎筒瓦，在陽光照耀之下，塔剎金光溢射四方。
塔身建有內梯外廊，宏麗壯觀，映帶霞輝。此塔被稱為消災延壽的藥師佛塔，含國泰民安和為香客、游人消災延壽的祝禱之意。寶塔南面正門上額題“藥師佛塔”四個大字，系*佛教協會會長趙樸初的手跡。北門門額上鐫刻有“國泰民安”匾額，為南京市市長所題。塔內供奉有藥師佛銅佛像一座，此像原供奉于北京雍和宮，1972年由趙樸初向國務院提請、經周總理批準送給南京靈谷寺，靈谷寺維修時，將該佛像暫存市文管會，寶塔建成后，又從文管會迎奉于塔內。塔內每層中間還有四個佛龕，為明代金絲楠木雕，原為北京中南海舊物，每個龕內供奉有一尊捕木的藥師佛像。
觀音樓左側為豁蒙樓，樓甚軒敞。豁蒙樓東即為景陽樓，樓上有對聯一副云：“雞籠山下，帝子臺城，振起景陽樓故址；玄武湖邊，胭脂古井，依然同泰寺舊觀。”這兩座名樓為供人憑欄遠眺之處，今已分別辟為茶座和素餐館，為游客提供良好的服務，使游客得以一面品茗就餐，一面臨窗賞景，情景至雅。
雞鳴寺集山、水、林、寺于一體，環境十分幽雅。寶剎莊嚴，銅佛閃耀，寺內樓閣參差，殿宇輝煌，浮圖聳空，香火繚繞，游客不絕。佛殿建筑精美佛像莊嚴；宏觀則山明水秀寺優美濃蔭碧翠留人步；登宏塔而俯瞰則群峰拱挹；煙嵐蓊郁。東抗鐘阜，西接北極，下瞰臺城，俯臨玄武，山色湖光，湖中梟雁，歷歷可數。每當春秋之交，仁立塔上，放目遠眺，荷花萬頃，紅綠相間，如漢宮晚妝，美不勝收。每當農歷二月十九日、六月九日、九月十九日，即觀音菩薩誕生、成道，出家紀念日，五、六萬善男信女前來朝山敬香，人流如潮，幽凈的寺院熱鬧非凡。
1996年6月8日，雞鳴寺方丈宗誠老師太安詳圓寂。一年來，雞鳴寺30多位尼眾，在省、市佛協和當家師的領導下，佛事活動如期進行，并修繕了鼓樓、韋馱殿、東西廂房。她們表示要繼承和發揚老師太艱苦創業、以寺為家精進修持的優良品質，把寺院管理好，維修好。